De acuerdo con su Estatuto Orgánico, la Universidad Iberoamericana está organizada académicamente en departamentos e institutos, que reciben la denominación de Unidades Académicas.
Los departamentos son dependencias académicas básicas responsables de los programas de docencia, investigación y difusión universitaria en un campo de conocimiento y / o ejercicio profesional, constituidos por una comunidad de académicos.
Los institutos son dependencias académicas interdisciplinares dedicadas al análisis e investigación de los temas más relevantes para nuestro país.
La Vicerrectoría Académica cuenta con tres Divisiones a las que están adscritos actualmente 21 departamentos académicos, además de la Dirección de Investigación y Posgrado
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