El Doctorado en Filosofía se fundó en 1948 y fue uno de los primeros que ofreció la Universidad Iberoamericana. Proporciona a sus alumnos una formación intelectual basada en las principales tradiciones filosóficas, los hábitos de reflexión y análisis necesarios. Con ello los estudiantes pueden participar en las diversas discusiones científicas, éticas, políticas y sociales.