Desde su fundación en 1943, la IBERO se ha preocupado por generar los conocimientos que la sociedad demanda, y al mismo tiempo, favorecer una formación integral entre los estudiantes, docentes e investigadores involucrados.
En ese sentido, entre los objetivos que la universidad se ha fijado, se encuentra el de contribuir por medio de la investigación a la solución de los problemas nacionales, es por ello que también se ha dedicado a vincular la investigación con otros centros e institutos, como son:
Instituto de Investigaciones sobre Desarrollo Sustentable y Equidad Social (IIDSES)
Instituto de Investigaciones para el Desarrollo de la Educación (INIDE)
Centro de Ingeniería y Tecnología de Rehabilitación (CITER)
Centro Mexicano de Química Verde y Microescala (CMQVM)